1. 清理前的多次审核：在文件正式被清理之前，往往要多番严格审核。不但要由文件管理部内部做评估和鉴定，有时还需征求相关业务部门的意见，以保证文件确实失去保留价值。例如，某公司在确定清理一批旧业务合同文件时，除了文件部门的人员审查，还联合法务部与业务部门的负责人一同参与，不同角度评诂这些文件能否清理。

2. 环保规定：文件销毁方式的选择除了考虑信息安全，还应具备环保规定。比如，采用物理方式清理纸质文档时，确保符合环保标准，避免对环境造成污染。有一个例子是，某文件馆在处理大量纸质文档时，选择了具有处理设备销毁公司，以保证清理情况下零污染。

3. 数据残留风险：对于电子文件的清理，即便用了正规的软件或工具进行删除，仍可能存在数据残余的风险。一些高级数据修复技术可能恢复部分被销毁的数据。比如，某单位在清理一批保存在旧硬盘中的电子文件后，将硬盘出售，结果购买人通过数据修复获取了部分隐私信息，带来了一定的信息泄露风险。

4. 历史意义的重估：有时，一些原本被视为毫无价值准备销毁的文件，可能会因新的研究视角、市场需求或政策调整，而被重估具有重要历史意义。比如，一些早期工业制造记录文件，最初被视为无关紧要，但随着对特定时期工业制造研究的深入，这些文件成为了稀有的历史文件。

5. 清理后的责任追溯：即使文件已经清理，某些情况下，如果后续发现清理存在错误或违规行为，相关人员仍可能被追溯责任。例如，某行政部门在文件销毁后，发现一部分文件对于正在进行的一个关键调查尤为重要，经过调查发现是清理过程的失误导致，相关人员因此受到了处分。